《绝命毒师》第二季继续讲述主人公沃尔特·怀特变成毒枭“海耶斯”以及与黄子从事冒险与拼搏的故事。第二季的故事紧接第一季的结尾，福斯特男孩持续失踪，带动了沃尔特与杰西的联合行动，二人继续制造更多的蓝冰。长期失踪的废柴叔叔塞霍恩让《绝命毒师》第二季吸引了许多粉丝，而另一个重要的情节是沃尔特对他的妻儿保密的变得越发困扰，尤其是他发现他患有肺癌的事情。另一方面，律师索尔·古德曼也在缓解情绪，承受着遭受脱衣舞妹子威胁的压力。《绝命毒师》第二季引述了这个悬疑情节，追踪塞霍恩的经历，以及沃尔特如何在购物店、钱贝格周围进行激动人心的行动。